治疗胃肠炎常用的药物有止泻药、益生菌、抑制胃酸分泌药等。一般来说，根据病情选择合适药物，能较快缓解症状。比如腹泻严重时可选用止泻药，恶心呕吐明显时可能用到抑制胃酸分泌的药物等。
止泻药物
蒙脱石散：它能吸附肠道内的病原体和毒素，起到止泻作用。成人及儿童都可使用，安全性较好。比如成人一般一次服用1袋（3克），用50毫升温水溶解后服用。黄连素：有一定的抑菌作用，对肠道细菌感染引起的胃肠炎导致的腹泻有帮助。儿童用药需根据体重等情况调整剂量。
调节肠道菌群药物
双歧杆菌四联活菌片：可以补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善胃肠炎引起的肠道功能紊乱。儿童可以服用，服用时用温水送服，温度不宜过高，以免杀死活菌。枯草杆菌二联活菌颗粒：同样能调节肠道菌群，适用于因胃肠炎出现腹泻、腹胀等症状的患者，儿童也能使用，用低于40℃的温水或牛奶冲服均可。
抑制胃酸分泌药物
奥美拉唑肠溶胶囊：属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于胃肠炎伴有胃酸过多、烧心等症状的患者适用。一般成人一次服用1粒（20毫克），每日1 - 2次。雷贝拉唑钠肠溶片：也是抑制胃酸分泌的药物，作用机制与奥美拉唑类似，可用于缓解胃肠炎引起的胃部不适，成人常用剂量为一次10毫克，每日1 - 2次。
止痛药物
颠茄片：能缓解胃肠道痉挛引起的疼痛，对于胃肠炎导致的腹痛有一定的缓解作用。成人一次服用1 - 2片，需要注意前列腺增生、青光眼患者禁用。山莨菪碱片：也可解除胃肠道平滑肌痉挛，减轻疼痛，儿童用药需谨慎，应在医生指导下根据体重等情况使用。