肝癌肿瘤标志物主要检查甲胎蛋白（AFP）、异常凝血酶原（PIVKA - Ⅱ）、糖类抗原19 - 9（CA19 - 9）等几项。其中甲胎蛋白是较为常用的指标，大约70%的肝癌患者血清中甲胎蛋白会升高，部分肝癌患者甲胎蛋白可大于400μg/L。
甲胎蛋白：
甲胎蛋白是一种糖蛋白，主要由胎儿肝细胞及卵黄囊合成。在成人，甲胎蛋白主要由肝脏窦状隙的内皮细胞和单核吞噬细胞系统摄取和降解。当肝细胞发生癌变时，又可重新具有合成这种蛋白的功能，导致血清中甲胎蛋白含量明显升高。一般来说，血清甲胎蛋白浓度>400μg/L，并能排除妊娠、活动性肝病、生殖腺胚胎源性肿瘤等，应高度怀疑肝癌。
异常凝血酶原：
异常凝血酶原也叫蛋白诱导的维生素K缺乏或拮抗剂 - Ⅱ诱导的蛋白。在肝癌细胞中，由于维生素K依赖性羧化酶的缺乏或被抑制，使得前体蛋白不能正常羧化，从而产生异常凝血酶原。它在肝癌患者中的阳性率可达60%左右，对亚临床肝癌的诊断有一定价值。
糖类抗原19 - 9：
糖类抗原19 - 9是一种粘蛋白型的糖类蛋白肿瘤标志物，为细胞膜上的糖脂质。虽然它不是肝癌的特异性标志物，但在肝癌患者中，尤其是合并胆道梗阻时，CA19 - 9往往会升高。不过，它在胰腺癌、胆管癌等其他消化系统肿瘤中也可能升高，需要结合其他检查综合判断。
其他相关标志物：
除了上述几种常见的肿瘤标志物外，还有α - L - 岩藻糖苷酶（AFU）等。AFU是一种溶酶体酸性水解酶，在肝癌患者血清中AFU活性明显高于正常人，可作为肝癌的辅助诊断指标，尤其对于AFP阴性的肝癌患者有一定的诊断意义。另外，铁蛋白、转铁蛋白等也可能在肝癌患者中出现异常，但临床应用相对不如前几种广泛。在诊断肝癌时，通常需要结合患者的症状、影像学检查（如超声、CT、MRI等）以及多种肿瘤标志物的检测结果进行综合判断，单一标志物的异常不能确诊肝癌。