大肠水疗具有多种作用，能在一定程度上帮助维护肠道健康等。
改善肠道清洁
大肠水疗可有效清洁肠道，通过特定的设备和方法，将水导入肠道，冲刷肠道内的宿便等物质，有助于清除肠道内堆积的废物，使肠道环境得到初步改善，对于一些因肠道宿便堆积导致的不适有缓解作用，尤其适用于长期便秘人群，能帮助恢复肠道正常的排泄功能。
调节肠道菌群
它可以在一定程度上调节肠道菌群平衡。合适的水疗操作能为有益菌群创造相对良好的生存环境，抑制有害菌的过度繁殖，维持肠道微生态的稳定，对肠道的正常生理功能维持有积极意义，比如有助于肠道正常的消化吸收等功能的良好运转。
辅助某些肠道疾病预防
对于一些肠道疾病的预防有一定辅助作用。通过保持肠道清洁和菌群平衡，降低肠道内有害物质对肠道黏膜的长期刺激等风险，从而在一定程度上减少肠道炎症、息肉等疾病的发生几率，但这并非绝对能预防疾病，还需结合其他健康生活方式。
对特殊人群的潜在益处
对于一些特殊人群，如老年人，其肠道功能相对较弱，大肠水疗在一定程度上可帮助改善肠道功能，缓解因肠道问题导致的不适；对于一些因生活方式不良导致肠道功能紊乱的人群，也能通过大肠水疗起到一定的调节作用，但特殊人群在进行大肠水疗时需谨慎，应在专业医生指导下进行，确保安全。
