胃贲门炎在药物选择上通常以质子泵抑制剂、促进黏膜修复药物为主，若伴有幽门螺旋杆菌感染，则还需配合抗生素进行治疗，这样效果会更好。
一、质子泵抑制剂：胃贲门炎患者需要进行抑酸治疗，利用质子泵抑制剂来抑制胃酸分泌，从而减少胃酸对贲门口的刺激。常见的这类药物包括雷贝拉唑、奥美拉唑等。雷贝拉唑能抑制胃酸分泌，主要用于治疗活动性十二指肠溃疡、良性胃溃疡等疾病；奥美拉唑可通过抑制胃壁细胞中的质子泵，减少胃酸分泌，适用于胃溃疡、十二指肠溃疡等病症。
二、黏膜修复药物：胃贲门部位由于长时间受炎症刺激，其周围细胞黏膜组织会出现受损情况，此时使用黏膜修复药物有助于胃贲门炎的好转。比如替普瑞酮能改善胃黏膜病变，提高胃黏膜中前列腺素的生物合成能力；瑞巴派特可促进胃黏膜细胞再生，增加胃黏膜血流量，对胃黏膜起到保护和修复作用。
三、抗生素：许多胃贲门炎患者同时伴有幽门螺旋杆菌感染现象，这时需要采用四联疗法进行幽门螺杆菌根除治疗，为期14天，如雷贝拉唑、阿莫西林、克拉霉素、枸橼酸铋钾联合使用等。阿莫西林是一种广谱抗生素，对幽门螺旋杆菌有较好的抗菌作用；克拉霉素能抑制细菌蛋白质合成，具有较强的抗幽门螺旋杆菌活性；枸橼酸铋钾能在胃内形成保护膜，抵御胃酸和幽门螺旋杆菌的侵袭。
以上药物都必须在医生的指导下合理使用。总之，对于胃贲门炎的治疗，要根据具体病情选择合适的药物，以达到最佳的治疗效果。