双向障碍的药物治疗需要根据不同的发作阶段来选择，常用的药物有心境稳定剂、抗精神病药等。一般来说，心境稳定剂中的碳酸锂是常用药物之一，它可以在急性期用于控制躁狂发作等，约有70%的双向障碍患者使用锂盐治疗有效。
常用的心境稳定剂
碳酸锂： 是治疗双向障碍的经典心境稳定剂，可稳定患者的情绪，对躁狂发作有较好的控制作用，但需要监测血锂浓度，一般治疗浓度在0.6~1.2mmol/L之间。丙戊酸盐： 包括丙戊酸钠、丙戊酸镁等，也常用于双向障碍的治疗，对躁狂发作和抑郁发作都有一定的效果，可口服给药。
抗精神病药物的应用
奥氮平： 可以用于双向障碍的躁狂发作或混合发作的治疗，能有效控制患者的兴奋、幻觉、妄想等症状，一般从小剂量开始使用。喹硫平： 对双向障碍的躁狂发作和抑郁发作都有一定的疗效，可改善患者的情绪症状和睡眠等问题，副作用相对较少。
抗抑郁药物的谨慎使用
选择性5-羟色胺再摄取抑制剂（SSRI）： 如氟西汀、帕罗西汀等，在双向障碍抑郁发作时可能会诱发转躁，所以使用时需要非常谨慎，通常会与心境稳定剂联合使用，并且要密切观察患者的情绪变化。三环类抗抑郁药： 如阿米替林等，也可能有诱发转躁的风险，一般较少单独用于双向障碍的治疗，除非在特殊情况下且有严密监测。
特殊人群用药注意
儿童双向障碍患者： 儿童双向障碍的药物治疗需要更加谨慎，药物的选择和剂量调整都要非常严格，一般不首先考虑使用一些可能有较大副作用或不确定因素的药物，需在专业医生的指导下，根据儿童的具体情况个体化用药，密切关注药物对儿童生长发育等方面的影响。老年双向障碍患者： 老年患者往往伴有其他基础疾病，在用药时要考虑药物之间的相互作用，选择副作用相对较小、对肝肾功能影响较小的药物，并且要从小剂量开始逐渐调整剂量，密切监测药物的不良反应。