强直性脊柱炎可能引发多种并发症，其中眼部并发症较为常见，约25%的强直性脊柱炎患者会出现虹膜炎或葡萄膜炎，且可能反复发作。
眼部并发症：
前葡萄膜炎/虹膜炎： 这是强直性脊柱炎较常见的关节外表现，通常是急性发作，表现为眼睛红肿、疼痛、畏光、流泪等症状。一般是单侧眼睛先发病，之后可能双侧交替发病。慢性葡萄膜炎： 相对前葡萄膜炎来说发病较隐匿，病情迁延，可能会影响视力，如果不及时治疗，可能导致视力下降甚至失明。
肺部并发症：
上肺叶纤维化： 随着病情进展，约5% - 10%的强直性脊柱炎患者会出现肺部病变，主要是上肺叶纤维化。早期可能没有明显症状，随着病情加重，可能出现咳嗽、气短等症状，影响肺部的正常通气功能。肺大疱： 部分患者还可能并发肺大疱，肺大疱破裂时可能引起自发性气胸，出现突发的胸痛、呼吸困难等症状。
心脏并发症：
主动脉瓣病变： 约有1% - 2%的强直性脊柱炎患者会出现主动脉瓣病变，如主动脉瓣关闭不全等。轻度病变可能没有症状，病变严重时可出现心悸、气促、乏力等心力衰竭的表现。传导阻滞： 少数患者还可能出现心脏传导阻滞，影响心脏的正常节律，严重时可能导致头晕、黑矇甚至晕厥等情况。
骨骼并发症：
脊柱骨折： 由于强直性脊柱炎患者的脊柱韧带钙化、骨化，脊柱弹性下降，相对更容易发生骨折，即使轻微的外伤也可能导致脊柱骨折，影响脊柱的稳定性和功能。骨质疏松： 强直性脊柱炎患者常存在骨质疏松的情况，这是因为疾病本身以及长期服用某些药物等因素影响，骨质疏松会进一步增加骨折的风险，还会导致骨痛等不适。