强直性脊柱炎可能引发多种并发症。约有1/4的强直性脊柱炎患者会出现眼部病变，如葡萄膜炎、虹膜炎等，一般在发病的前几年比较容易出现，而且可能会反复发作。
骨骼肌肉相关并发症
脊柱畸形： 随着病情进展，脊柱可能会逐渐出现畸形，比如驼背等情况。长期患病且没有得到有效控制的患者中，有一定比例会出现不同程度的脊柱畸形，严重时会影响身体的正常活动功能。髋关节病变： 强直性脊柱炎容易累及髋关节，导致髋关节疼痛、活动受限。据统计，约有1/4的患者会出现髋关节受累，若不及时治疗，可能会引起髋关节强直，严重影响下肢的运动功能，使患者行走、站立等基本活动受到极大限制。
心脏相关并发症
主动脉瓣病变： 少数强直性脊柱炎患者会出现心脏受累，其中主动脉瓣病变较为常见。患者可能会出现主动脉瓣关闭不全等情况，严重时会影响心脏的正常供血功能，导致心悸、气短等症状，长期不治疗可能会影响心脏功能，甚至引发心力衰竭等严重后果。
肺部相关并发症
肺间质病变： 部分强直性脊柱炎患者会出现肺部病变，如肺间质病变。病情较轻时可能没有明显症状，随着病情进展，可能会出现咳嗽、气短等症状。长期的肺间质病变会影响肺部的气体交换功能，降低患者的生活质量，严重时会对呼吸功能造成严重影响。