龟头炎的治疗药物需根据病因选择，常见的有抗生素类药物、抗真菌药物等。一般来说，细菌性龟头炎常用莫匹罗星软膏等抗生素药膏；念珠菌性龟头炎可用克霉唑乳膏等抗真菌药物。
细菌性龟头炎常用药
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的细菌性龟头炎，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。一般局部外用，直接涂抹在患处。但对莫匹罗星过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 对引起龟头炎的常见细菌有较好的抗菌活性，可用于治疗由葡萄球菌、链球菌等敏感菌导致的细菌性龟头炎。使用时需清洁龟头后薄涂于患处。孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。
念珠菌性龟头炎常用药
克霉唑乳膏： 属于抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成及影响其代谢过程来发挥抗真菌作用，可用于念珠菌性龟头炎的治疗。外用时取适量乳膏涂抹于洗净的患处。孕妇、哺乳期妇女及无性生活的女性应在医生指导下使用。咪康唑乳膏： 对念珠菌等真菌有抗菌作用，能干扰真菌细胞色素P-450的活性，影响真菌细胞膜的合成。用法是局部外用，涂于洗净的患处。注意对本品过敏者禁用，避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等）。
滴虫性龟头炎常用药
甲硝唑乳膏： 对滴虫有杀灭作用，可用于滴虫性龟头炎的治疗。外用时清洗龟头后，取适量乳膏涂抹患处。孕妇及哺乳期妇女禁用，使用时应避免接触眼睛。替硝唑凝胶： 对滴虫同样有抑制和杀灭作用，可用于滴虫感染引起的龟头炎。局部外用，清洗龟头后将凝胶涂于患处。不良反应偶见局部刺激如烧灼感等，对本品过敏者禁用。
一般处理与注意事项
除了使用药物治疗，保持龟头局部清洁卫生也很重要。每天用清水清洗龟头，避免使用刺激性强的清洁剂。如果是包皮过长或包茎引起的反复龟头炎，在炎症消退后，可考虑行包皮环切术，这能从根源上减少龟头炎的发生。同时，治疗期间应避免性生活，防止交叉感染。