胸腺瘤的具体发病原因目前还不完全明确，不过有一些相关因素被认为可能与之有关。目前并没有确切的某一个单一因素能明确说是引发胸腺瘤的唯一原因，但一些情况被研究发现可能和胸腺瘤的发生存在关联。
遗传因素相关情况
部分遗传易感性： 有研究发现，某些遗传突变可能会增加患胸腺瘤的风险。虽然具体的遗传突变位点还在不断研究中，但有家族中有胸腺瘤患者的人群，相对来说患胸腺瘤的风险可能会比普通人群略高一些，但这也不是绝对会发病，只是有一定的遗传易感性存在。
自身免疫相关方面
与自身免疫疾病的关联： 胸腺瘤常常与一些自身免疫性疾病相伴发。例如，胸腺瘤患者中合并重症肌无力的概率较高，大约有30% - 70%的胸腺瘤患者会出现重症肌无力。这是因为胸腺瘤可能会影响机体的免疫调节机制，导致自身免疫反应的异常，进而引发相关的疾病表现，同时也可能在一定程度上与胸腺瘤的发生发展存在联系。
环境因素影响
辐射暴露影响： 长期接触电离辐射可能是一个潜在的危险因素。比如在一些职业环境中，长期接触较高剂量电离辐射的人群，像某些从事放射相关工作的人员，如果防护不当，长期受到辐射影响，患胸腺瘤的风险可能会有所增加。不过一般的医疗检查中接触的少量辐射，通常不会明显增加患胸腺瘤的风险，只有长期大剂量的辐射暴露才被认为可能与胸腺瘤的发生有关。病毒感染推测： 有一些研究推测某些病毒感染可能与胸腺瘤的发生有一定关系，但目前还没有确凿的证据表明某一种特定病毒就是引发胸腺瘤的直接原因。不过持续的病毒感染可能会引起机体免疫系统的紊乱，长期的免疫异常状态可能为胸腺瘤的发生创造了一定的条件。