婴儿乳糖不耐受时，常见症状多在进食含乳糖食物后出现。比如多数婴儿会在进食母乳或牛乳后0.5 - 2小时内出现腹泻，大便多为黄色或青绿色稀糊便，有的还会呈蛋花汤样，每天数次到10余次不等。
消化道症状表现
腹泻情况： 婴儿乳糖不耐受最典型的消化道症状就是腹泻，粪便多为黄色稀便，可能伴有泡沫，每天腹泻次数可能在数次到十几次。腹胀表现： 还常伴有腹胀，婴儿肚子看起来鼓鼓的，有的会因腹胀而哭闹不安。
其他伴随症状
呕吐现象： 部分乳糖不耐受的婴儿会出现呕吐症状，呕吐物多为吃进去的奶液，呕吐次数不定。哭闹不安： 由于身体不适，婴儿会比平时更容易哭闹，难以安抚，这是因为胃肠不适带来的难受让婴儿通过哭闹来表达。
不同类型的表现差异
原发性乳糖不耐受婴儿： 多从出生后就会出现症状，主要是因为体内乳糖酶先天性缺乏或活性不足，从进食含乳糖食物后就会很快出现上述消化道及其他伴随症状。继发性乳糖不耐受婴儿： 通常是在婴儿患某些肠道疾病后，如轮状病毒肠炎等，损伤了肠道黏膜，导致乳糖酶暂时性缺乏而出现乳糖不耐受，一般在原发病出现后不久就会表现出相应症状，和原发性的相比，可能在原发病恢复后症状会有所缓解，但刚出现时症状表现类似。