女性感染HPV初期通常没有明显症状，部分人可能会出现生殖器部位的异常表现。比如，少数人会在生殖器周围（如大小阴唇、阴道口、会阴、肛周等部位）出现细小的淡红色丘疹，这些丘疹可能单个存在，也可能多个聚集。
皮肤黏膜表现方面
早期小丘疹情况： 初期的丘疹一般比较小，像针尖至米粒大小，颜色可能与皮肤正常颜色相近或稍红，形状多为乳头状、菜花状或颗粒状。有的女性可能一开始没太留意，因为这些小丘疹不疼不痒，容易被忽略。发展变化特点： 随着病毒持续感染，这些丘疹可能会逐渐增大、增多。有的会融合成较大的斑块或肿物，外观上可能更明显，但还是有很多人因为没有不适感觉而没有及时察觉。
生殖道感染相关
宫颈部位变化： 在宫颈感染HPV初期，从外观上可能暂时看不出明显异常，但通过宫颈细胞学检查等可以发现细胞有异常改变。不过很多女性此时没有特殊的自觉症状，不像一些妇科疾病会有明显的白带异常、腹痛等表现。阴道感染迹象： 少数女性阴道感染HPV初期可能会有阴道分泌物增多的情况，但这种增多往往不具有特异性，和普通的阴道炎症分泌物增多不好区分，所以很容易被当作普通炎症来处理。
自身免疫与病毒清除
自身免疫的作用： 很多女性感染HPV后，靠自身免疫系统可以在8 - 12个月内清除病毒，这时候可能都不会有明显的外在症状表现。只有少部分女性持续感染高危型HPV，才会逐渐出现宫颈病变等后续变化，但初期也可能没有很典型的可以察觉的症状。