肛门瘙痒的原因有多种。一般来说，约半数肛门瘙痒与局部因素有关，另一半可能与全身因素相关。
局部因素引起的肛门瘙痒
寄生虫感染：
蛲虫感染： 多见于儿童，尤其是夜间，雌蛲虫会爬出肛门产卵，刺激肛周皮肤，引起瘙痒。夜间仔细观察肛周皮肤，可能发现白色细小线状的蛲虫。疥虫感染： 疥虫可在皮肤表皮内挖掘隧道，引起剧烈瘙痒，夜间尤甚，肛周皮肤也常受累。
局部皮肤病变：
肛周湿疹： 是一种常见的非传染性皮肤病，表现为肛周皮肤红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等多形性损害，伴有剧烈瘙痒。搔抓后可导致皮肤肥厚、苔藓样变。肛门尖锐湿疣： 由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，肛周皮肤黏膜出现单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增大增多，可融合成菜花样、鸡冠样等外观，病变部位可因分泌物刺激而引起瘙痒。
肛肠疾病：
痔疮： 尤其是外痔，痔核脱出肛门外，可刺激肛周皮肤，导致分泌物增多，引起瘙痒。长期痔疮患者，肛周皮肤常因分泌物刺激而出现慢性炎症。肛瘘： 肛瘘外口持续有少量脓性、血性、黏液性分泌物排出，刺激肛周皮肤，可引起瘙痒。有时分泌物会污染内裤，加重不适。
全身因素引起的肛门瘙痒
全身性疾病：
糖尿病： 糖尿病患者血糖升高，皮肤含糖量增高，有利于霉菌生长繁殖，易并发霉菌性肛周皮炎，引起瘙痒。据统计，约10%的糖尿病患者会出现肛周瘙痒症状。肝胆疾病： 如黄疸型肝炎、肝硬化等，因血液中胆盐含量升高，刺激皮肤神经末梢，可引起全身性皮肤瘙痒，肛周皮肤也会受累。
药物因素：
某些药物可能引起过敏反应导致肛门瘙痒，如抗生素、磺胺类药物等。服用这些药物后，可能在肛周皮肤出现皮疹、瘙痒等过敏表现。
精神因素：
精神紧张、焦虑、抑郁等情绪变化，可能通过神经调节影响肛周皮肤的感觉，导致或加重肛门瘙痒。比如长期精神压力大的人，更容易出现肛门瘙痒且难以缓解。