系统彩超和四维彩超主要在成像原理、检查时间及临床应用等方面存在区别。系统彩超是二维超声的动态显示，四维彩超是在系统彩超基础上的实时三维成像。
成像原理差异
系统彩超基于二维超声技术，通过探头发射和接收超声波，获取人体内部组织的二维切面图像并实时动态显示。四维彩超则是在三维超声的基础上，加上时间维度，能够呈现出胎儿等物体的实时动态三维图像，如同给检查对象拍摄一段“小视频”。
检查时间不同
系统彩超一般在妊娠20 - 24周进行，主要侧重于对胎儿结构进行详细的系统排查，观察胎儿各器官的形态、大小等基本结构情况。四维彩超最佳检查时间通常在妊娠22 - 28周，除了能进行系统彩超的检查内容外，还可更清晰地观察胎儿在宫内的活动情况等。
临床应用侧重
系统彩超常用于筛查胎儿是否存在结构畸形等情况，对胎儿的心脏、大脑、脊柱等重要器官的结构进行细致评估。四维彩超除了可用于结构筛查外，还常用于为胎儿拍摄“写真”，记录胎儿在宫内的活动姿态等，但在一些精确的结构细微病变的诊断上，系统彩超有时可能更为精准。
对检查者的影响
无论是系统彩超还是四维彩超，检查过程中一般对孕妇和胎儿没有不良影响。但四维彩超检查时间相对可能稍长一些，孕妇在检查时需保持放松的状态，以保证检查顺利进行。对于一些特殊情况的孕妇，如肥胖、胎位不佳等，可能会影响两种彩超的检查效果，需要医生根据具体情况进行判断和调整检查方式。