第三代试管婴儿的成功率受到多种因素影响，一般来说，其整体成功率大概在40%~60%左右，但具体到不同的个体又有所差异。
影响第三代试管婴儿成功率的因素一：女方年龄
女性年龄较小： 25~34岁的女性做第三代试管婴儿，成功率相对较高，能达到50%以上。因为这个年龄段女性的卵巢功能较好，卵子质量相对较高。女性年龄较大： 35岁以上的女性随着年龄增长，卵巢功能逐渐衰退，卵子质量下降，第三代试管婴儿的成功率会逐渐降低。35~37岁成功率可能降到40%左右，40岁以上可能不足30%。
影响第三代试管婴儿成功率的因素二：男方精子质量
精子质量较好： 如果男方精子数量正常，活力良好，畸形率低，那么第三代试管婴儿的成功率相对较高。一般来说，正常形态精子率大于4%，精子活力a级加b级大于50%，成功率会有保障。精子质量较差： 若男方存在少精、弱精、畸形精子症等情况，会影响第三代试管婴儿的成功率。比如少精症患者精子数量过少，与卵子结合的机会减少；弱精症患者精子活力不足，难以顺利到达输卵管与卵子结合，都会使成功率下降。
影响第三代试管婴儿成功率的因素三：胚胎质量
优质胚胎多： 通过第三代试管婴儿技术筛选出的优质胚胎，移植后着床成功率高，进而整体成功率也高。一般经过严格筛选，有较多优质胚胎可供移植时，成功率能提升。胚胎质量差： 如果筛选出的胚胎质量不佳，比如存在染色体异常等问题，移植后着床失败的概率增加，会导致第三代试管婴儿成功率降低。