左肾小囊肿的形成原因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，肾小管的轻微堵塞可能是一个重要因素，导致局部尿液潴留，逐渐形成小囊肿。
先天发育因素：
肾小管发育异常： 在胚胎发育过程中，肾小管的发育出现异常，可能会形成一些局部的结构改变，进而有形成小囊肿的潜在可能。这种先天发育的问题是从胚胎时期就开始存在的因素，但具体为什么会出现肾小管发育异常，目前还不是完全清晰，可能与遗传等多方面因素相关。
年龄因素：
随年龄增长出现： 随着年龄的增长，左肾小囊肿的发生率会有所增加。一般在成年人中相对更易发现左肾小囊肿，有研究发现，在50岁以上的人群中，左肾小囊肿的检出率会明显升高。这可能是因为随着年龄增加，肾脏的一些微小结构发生退变等改变，使得小囊肿更容易出现。
其他潜在因素：
肾脏感染或损伤后： 肾脏如果曾经有过感染或者轻微损伤，也可能在一定程度上增加左肾小囊肿形成的风险。比如曾经有过肾盂肾炎等肾脏感染性疾病，在疾病恢复后，有可能因为局部组织的修复等过程出现一些微小的结构变化，进而形成小囊肿。不过这种情况相对不是最主要的因素，但也是可能的影响因素之一。另外，一些外界因素如长期接触某些有害物质等，虽然相对少见，但也不能完全排除对肾脏造成影响从而导致左肾小囊肿形成的可能性。