左肾小囊肿形成的原因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，先天性的发育异常可能是其中一个因素，比如肾小管的发育畸形，导致局部形成小的囊腔；另外，年龄也是一个相关因素，随着年龄增长，肾脏出现小囊肿的几率会有所增加，有研究显示50岁以上人群中，相当一部分人会有左肾小囊肿；还有就是肾脏的一些退行性变，随着身体机能的衰退，肾脏组织发生退行性改变，也可能促使左肾小囊肿的形成。
先天发育因素相关
肾小管发育畸形： 在胚胎发育时期，肾小管的发育出现异常，比如肾小管的某个部分形成了异常的囊样结构，这种结构逐渐发展就可能形成左肾小囊肿。一般这种先天性的肾小管发育问题从胚胎阶段就已存在，但出生后可能较长时间都不会表现出明显症状，而是在后续检查中被发现。遗传因素相关倾向： 虽然大部分左肾小囊肿并非明确的遗传性疾病，但有部分遗传性肾脏疾病可能会伴随左肾小囊肿的出现。比如一些多囊肾病相关的基因变异可能会增加肾脏出现囊肿的风险，不过这类由明确遗传因素导致的左肾小囊肿相对较少见，多数还是散发的情况。
年龄因素影响
中老年高发： 随着年龄增长，人体各器官组织都会出现一定程度的老化，肾脏也不例外。肾脏的肾小球、肾小管等结构在年龄增长过程中会逐渐发生退行性变化，细胞的代谢功能、修复功能等都会下降，这就使得肾脏局部容易形成小囊肿。一般40岁以上人群做肾脏超声检查时，发现左肾小囊肿的概率比年轻人要高一些。儿童期也可出现： 虽然相对少见，但儿童期也可能出现左肾小囊肿，不过儿童的左肾小囊肿多与先天发育等因素关系更密切，比如胚胎发育过程中遗留的一些异常情况在儿童期逐渐显现出来。
肾脏退行性变方面
组织修复与代谢变化： 肾脏在日常工作中不断进行过滤等功能，随着年龄增加或一些其他因素影响，肾脏组织的修复能力下降。当肾脏局部的组织受到一些微小损伤后，修复过程中可能出现异常，导致形成小囊肿。同时，随着年龄增长，肾脏细胞的代谢功能改变，也可能影响肾脏组织的正常结构，促使小囊肿形成。慢性炎症影响： 肾脏可能会有一些轻微的慢性炎症反应，虽然这种炎症可能很轻微，不易被察觉，但长期的慢性炎症刺激也可能导致肾脏局部出现小的囊性改变，进而形成左肾小囊肿。不过这种慢性炎症往往是很隐匿的，很难被直接发现。