怀孕检查孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮由卵巢、胎盘和肾上腺分泌，孕酮低常见原因有：黄体功能不全，卵巢中的黄体是分泌孕酮的主要结构，若黄体功能不全，就会导致孕酮分泌不足，这种情况在孕期比较常见；胚胎发育异常，比如胚胎染色体异常等情况，也可能影响孕酮的分泌；内分泌系统疾病，像甲状腺功能减退等内分泌疾病，会干扰激素的正常调节，进而影响孕酮水平。
黄体相关因素导致孕酮低
卵巢黄体本身问题： 正常情况下，卵巢排卵后形成黄体，黄体分泌孕酮。如果黄体发育不良，其分泌的孕酮量就会不足。一般在排卵后的黄体期，正常孕酮水平应该有一定范围，若低于这个范围就属于孕酮低。黄体期异常缩短： 正常黄体期大约是14天左右，如果黄体期缩短，那么孕酮分泌的时间也就相应缩短，导致整体孕酮水平偏低。
胚胎因素引发孕酮低
胚胎染色体异常： 当胚胎染色体出现数目或结构异常时，会影响胚胎的正常发育，进而影响母体孕酮的分泌。据统计，在早期流产的胚胎中，有50% - 60%是因为染色体异常导致的，而染色体异常的胚胎往往伴随着孕酮低的情况。胚胎着床异常： 胚胎着床过程不顺利，比如着床位置不佳等，也可能影响孕酮的分泌，导致孕酮水平偏低。
内分泌系统影响孕酮水平
甲状腺功能减退： 甲状腺激素对身体的代谢等多种功能有调节作用，当甲状腺功能减退时，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而影响孕酮的分泌。甲状腺功能减退患者体内甲状腺激素水平降低，会干扰激素之间的正常调节关系，使得孕酮分泌不足。肾上腺疾病： 肾上腺也参与激素的分泌调节，若肾上腺出现疾病，比如肾上腺皮质功能减退等，会影响相关激素的分泌，进而影响孕酮的合成与分泌。肾上腺疾病会破坏正常的激素分泌平衡，导致孕酮水平降低。