怀孕检查孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮主要由卵巢黄体分泌，若黄体功能不全，就可能导致孕酮水平降低，大约有30%左右的孕酮低情况是因为黄体功能不全导致的。
黄体功能不全导致孕酮低
卵巢黄体发育不全： 卵巢的黄体是分泌孕酮的主要结构，如果黄体本身发育不够完善，其分泌孕酮的能力就会受限，从而使得孕妇体内孕酮水平偏低。正常情况下，黄体期一般持续约14天左右，若黄体期缩短，往往就会伴随孕酮低的情况。孕激素合成障碍： 参与孕酮合成的相关酶出现异常，会影响孕酮的合成过程，进而导致孕酮分泌量减少。比如某些酶的活性不足，就无法高效地将相关物质转化为孕酮。
胚胎因素引发孕酮低
胚胎染色体异常： 如果胚胎本身存在染色体数目或者结构的异常，会影响胚胎的正常发育，进而影响母体的内分泌环境，使得孕酮分泌受到影响，大约有50% - 60%的自然流产与胚胎染色体异常有关，而胚胎染色体异常时往往伴随孕酮低的情况。胚胎质量不佳： 除了染色体问题，胚胎自身发育过程中出现的其他质量问题，也可能导致母体孕酮分泌异常。比如胚胎发育过程中营养供应不足等情况，都可能间接影响孕酮的分泌。
内分泌系统疾病导致孕酮低
甲状腺功能减退： 甲状腺功能减退会影响身体的整个内分泌调节系统，甲状腺激素分泌不足会干扰到与孕酮分泌相关的内分泌轴，从而导致孕酮水平降低。研究发现，约有10%左右的甲状腺功能减退患者会出现孕酮低的情况，且这类患者往往还会伴有甲状腺功能指标异常等表现。高泌乳素血症： 体内泌乳素水平过高时，会抑制促性腺激素的分泌，进而影响卵巢的功能，使得孕酮的分泌受到影响。高泌乳素血症患者中，大约有20% - 30%会出现孕酮低的现象，同时可能伴有月经紊乱等症状。
其他因素造成孕酮低
不良生活方式： 长期熬夜、过度劳累等不良生活方式会影响身体的内分泌平衡，从而影响孕酮的分泌。有调查显示，长期熬夜的女性在怀孕后出现孕酮低的概率比作息规律女性高约20%。另外，过度吸烟、酗酒也会对内分泌系统产生不良影响，增加孕酮低的风险。环境因素： 长期接触某些化学物质，如农药、重金属等，可能会干扰体内的激素代谢，导致孕酮水平降低。例如长期接触含苯类的化学物质，会影响内分泌功能，进而影响孕酮的分泌。