脑干损伤的康复需要综合多种手段，通常需要数周至数月甚至更长时间。一般来说，康复治疗需要长期坚持。
康复训练方面
肢体康复训练： 在病情稳定后，就可开始进行肢体的被动活动，由康复治疗师帮助患者活动瘫痪的肢体，每天可进行2 - 3次，每次15 - 20分钟，防止肌肉萎缩和关节僵硬。还可以逐步引导患者进行主动的肢体运动，从简单的翻身、抬臀等动作开始，随着病情好转逐渐增加难度。语言康复训练： 如果患者有语言障碍，需要进行语言康复训练。可以让患者从简单的发音练习开始，如练习发“a”“o”“e”等单音，每天训练2 - 3次，每次10 - 15分钟。对于有吞咽困难的患者，还需要进行吞咽功能训练，包括喉部提升训练等。
物理因子治疗
电刺激治疗： 可以采用经皮神经电刺激等方法，促进神经肌肉的恢复。一般每周进行3 - 5次，每次治疗时间根据患者情况而定，通常在20 - 30分钟。通过电刺激可以改善神经的兴奋性，帮助受损神经恢复功能。高压氧治疗： 高压氧治疗有助于改善脑干受损区域的缺氧状态，促进神经细胞的修复和再生。一般需要进行多个疗程的治疗，每个疗程通常包括多次高压氧舱内的治疗，每次治疗时间大约在60 - 120分钟，疗程之间可能有一定的间隔时间。
康复护理要点
体位护理： 要注意定时给患者翻身，一般每2 - 3小时翻身一次，防止压疮的发生。翻身时要注意动作轻柔，避免加重损伤。同时，要保持患者肢体的良好体位，如上肢可保持外展、屈曲位，下肢保持伸直位等，预防关节畸形。营养支持： 保证患者有充足的营养摄入，对于不能自主进食的患者，可能需要通过鼻饲等方式提供营养。要注意营养的均衡，保证蛋白质、维生素、矿物质等的充足供应，一般每天蛋白质的摄入量要达到1.0 - 1.5克/千克体重左右，以促进身体的恢复。