复方玄驹胶囊副作用相对较少，但也可能存在一些情况。一般来说，按照正确用法用量使用时，大部分人耐受性较好，但仍有少数人可能出现副作用。
胃肠道方面的可能反应
恶心情况： 少数人服用复方玄驹胶囊后可能出现恶心的症状，不过一般程度较轻，通常不会影响继续用药。比如在一项小规模的临床观察中发现，约有3%左右的用药者会出现轻度恶心表现。胃胀问题： 也有部分人可能感觉胃胀，这可能与药物对胃肠道的刺激有关，但大多也是比较轻微的，一般不影响日常生活，多数人可以耐受。
神经系统相关反应
头晕状况： 个别人服用后可能会出现头晕的情况，一般程度较轻，多在用药初期出现，随着继续用药可能会逐渐适应。例如有研究统计显示，约1.5%的用药者会出现轻度头晕现象。乏力感觉： 还有少数人会感觉乏力，不过通常也是比较轻微的，不会严重影响正常的工作和生活。
其他可能情况
过敏现象： 虽然比较少见，但也有个别人可能对复方玄驹胶囊中的某些成分过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹等。一旦出现过敏症状，应立即停药，并及时就医处理。对性功能影响争议： 复方玄驹胶囊主要用于肾阳虚相关病症，有一定改善性功能等方面的作用，但一般正规使用下不会有严重的副作用导致性功能异常等不良后果，不过在个体差异下，极少数人可能会有一些不适应的感觉，但这并非普遍的严重副作用情况。总体而言，复方玄驹胶囊的副作用相对不是很严重，而且出现副作用的比例较低，但在用药过程中还是要密切关注自身反应，若出现明显不适，应及时咨询医生。