胃食管反流的治疗目的主要是缓解症状、治愈食管炎、防止并发症。一般来说，通过规范治疗，多数患者能有效控制病情。
缓解不适症状
减轻烧心感：胃食管反流会让人有烧心的难受感觉，通过治疗可以让这种烧心的频率和程度降低，让患者感觉更舒适。减少反流次数：有效地治疗能让胃酸等反流物反流到食管的次数减少，避免频繁反流带来的不适。
治愈食管炎
修复食管黏膜：胃食管反流可能会损伤食管黏膜，治疗的一个重要目的就是让受损的食管黏膜得以修复。比如一些质子泵抑制剂等药物可以创造利于黏膜修复的环境。防止食管炎加重：如果不及时治疗，食管炎可能会进一步恶化，出现溃疡等更严重的情况，通过治疗能阻止食管炎向更坏的方向发展。
预防并发症
避免食管狭窄：长期的胃食管反流可能引发食管狭窄，治疗可以降低这种并发症发生的风险。因为食管狭窄会影响进食，通过积极治疗能防止这种情况出现。降低Barrett食管风险：胃食管反流还可能导致Barrett食管，这是一种癌前病变，治疗能减少出现Barrett食管的几率，从而降低患食管癌的风险。