三叉神经痛的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与血管压迫、神经损伤等因素有关。比如有研究发现，约90%以上的原发性三叉神经痛是由于三叉神经根部受到血管压迫引起的，常见的是小脑上动脉、小脑前下动脉等血管对三叉神经的压迫。
血管压迫因素
血管与神经的关系：三叉神经从脑干发出后，走行过程中如果被异常走行的血管压迫，血管的搏动刺激会导致神经脱髓鞘改变，进而引发神经冲动的异常传导，最终导致三叉神经痛发作。比如一些老年人随着年龄增长，血管发生生理性迂曲、硬化，就更容易对三叉神经形成压迫。血管压迫的具体情况：小脑上动脉是最常压迫三叉神经的血管，它从脑干发出后，可能会搭在三叉神经的根部，长期的搏动摩擦会使神经纤维受损，使得神经信号传递出现紊乱，从而引发面部剧烈疼痛。
神经损伤因素
外伤导致的神经损伤：面部曾经受到过外伤，比如车祸、撞击等，可能会损伤三叉神经，从而引发三叉神经痛。有临床病例报道，面部严重外伤后的患者，在数月或数年后出现了三叉神经痛的症状。医源性神经损伤：在一些口腔颌面外科手术或者颅内手术中，如果操作不当，也可能损伤三叉神经，进而引发三叉神经痛。例如在拔牙等口腔手术中，如果手术操作涉及到三叉神经周围区域，有可能损伤神经，导致术后出现三叉神经痛的情况。
其他可能因素
颅内病变影响：颅内的一些病变，像肿瘤、囊肿等，也可能对三叉神经造成压迫或刺激，从而引发三叉神经痛。比如桥小脑角区的肿瘤，可能会压迫三叉神经，导致神经功能异常，引发疼痛症状。据统计，约有1% - 2%的三叉神经痛患者是由于颅内肿瘤等病变引起的。遗传因素的推测：虽然目前还没有确凿的证据表明三叉神经痛有明显的遗传倾向，但有研究发现部分家族中有多人患三叉神经痛的情况，所以推测可能存在一定的遗传易感性。不过这还需要更多大规模的研究来进一步证实。