淋巴结疼可能由多种原因引起，比如感染因素较为常见，像细菌感染时，当身体某个部位受到细菌侵袭，附近的淋巴结可能会发起免疫反应，从而出现疼痛，这种情况较为多见，约占淋巴结疼原因的60% - 70%左右；病毒感染也能导致淋巴结疼，例如EB病毒感染引发的传染性单核细胞增多症，就常常会出现颈部等部位淋巴结肿大疼痛的情况。
感染性因素导致淋巴结疼
细菌感染引发：当金黄色葡萄球菌等细菌入侵人体，比如皮肤有伤口感染时，附近的淋巴结就可能受累。像面部有疖肿，就可能引起颌下淋巴结疼痛。此时淋巴结会表现为肿大、触痛明显。病毒感染引发：风疹病毒感染后，除了有发热、皮疹等表现，颈部、枕后等部位的淋巴结也会疼痛、肿大。例如儿童感染风疹病毒后，颈部淋巴结可摸到有疼痛的肿块。
非感染性因素导致淋巴结疼
自身免疫性疾病引起：像系统性红斑狼疮，这是一种自身免疫紊乱的疾病，会累及淋巴结，导致淋巴结疼痛。患者除了淋巴结疼，还可能有面部红斑、关节痛等多种症状。恶性肿瘤累及：某些恶性肿瘤会转移至淋巴结，比如乳腺癌转移至腋窝淋巴结，此时淋巴结会出现无痛性进行性肿大，但也有部分患者会感觉疼痛。像淋巴瘤，是起源于淋巴造血系统的恶性肿瘤，也会导致淋巴结疼痛、肿大，并且可能伴有发热、消瘦等全身症状。
其他少见因素导致淋巴结疼
药物过敏引起：个别患者使用某些药物后可能出现过敏反应，累及淋巴结导致疼痛。比如使用青霉素后，可能引发淋巴结过敏疼痛，但这种情况相对较少见。外伤导致：颈部等部位如果受到外伤，局部淋巴结可能会因为损伤而出现疼痛。例如颈部受到撞击后，附近淋巴结可能会有疼痛表现。