外耳道疖肿主要是由细菌感染引起的，金黄色葡萄球菌是最常见的致病菌，约占80%左右。
局部因素导致
外耳道皮肤损伤： 挖耳朵是常见的导致外耳道皮肤损伤的行为，比如经常用尖锐的工具挖耳朵，很容易划破外耳道皮肤，皮肤破损后就给细菌入侵创造了条件。另外，游泳时耳朵进水，长时间浸泡也会使外耳道皮肤的屏障功能受损，增加感染风险。外耳道环境潮湿： 比如长期处于潮湿环境中，或者耳朵出汗较多，外耳道一直处于潮湿状态，有利于细菌滋生。像一些爱出汗的人，如果没有及时清理外耳道汗液，就比较容易长外耳道疖肿。
全身因素影响
抵抗力下降： 当人体抵抗力下降时，比如感冒、过度疲劳、糖尿病患者血糖控制不佳时，身体抵御细菌的能力变弱，就更容易受到金黄色葡萄球菌等细菌的侵袭，从而引发外耳道疖肿。例如，糖尿病患者由于血糖高，白细胞的杀菌作用受到影响，一旦外耳道有轻微损伤，就容易发生感染形成疖肿。全身性疾病： 一些全身性疾病也会增加外耳道疖肿的发病几率。除了糖尿病，像营养不良等情况，身体缺乏必要的营养物质，也会影响身体的免疫功能，使外耳道容易被细菌感染长疖肿。
其他相关因素
外耳道局部卫生状况差： 不注意外耳道清洁，外耳道内堆积过多的耵聍（耳屎）、皮屑等，为细菌生长提供了良好的培养基，长期下来就容易引发外耳道疖肿。比如长时间不清理耳朵，耵聍越积越多，就可能导致外耳道局部环境恶化，引发感染。过敏因素： 外耳道皮肤如果发生过敏反应，比如接触了某些过敏原后出现瘙痒，患者搔抓后容易导致皮肤破损，进而引发细菌感染形成疖肿。例如，对某些洗发水、染发剂过敏的人，使用后外耳道皮肤过敏瘙痒，搔抓后就可能诱发外耳道疖肿。