美尼尔综合症的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。目前研究发现，大约有10% - 15%的美尼尔综合症患者有家族史，遗传因素可能是其中一个原因。
内耳积水相关因素
内淋巴产生和吸收失衡： 内淋巴液的产生和吸收处于动态平衡状态。如果内淋巴产生过多，或者吸收出现障碍，就会导致内淋巴积水。比如，内耳的一些细胞功能异常可能影响内淋巴的正常代谢，使得内淋巴液积聚，进而引发美尼尔综合症。膜迷路机械阻塞与内淋巴吸收障碍： 比如，前庭膜、蜗管鼓壁等结构发生病变，可能造成膜迷路机械性阻塞，影响内淋巴的正常吸收，从而引起内淋巴积水。像先天性发育异常导致的膜迷路结构异常，就可能出现这种情况。
内耳免疫反应因素
自身免疫反应： 有研究表明，美尼尔综合症可能与自身免疫反应有关。当人体的免疫系统出现异常时，可能错误地攻击内耳组织，引发炎症反应，影响内耳的正常功能，进而导致美尼尔综合症的发生。例如，一些自身免疫性疾病相关的抗体可能作用于内耳结构，破坏内耳的正常生理功能。免疫复合物沉积： 体内形成的免疫复合物如果沉积在内耳组织中，也可能引起内耳的炎症和损伤，干扰内耳的正常生理过程，增加美尼尔综合症的发病风险。比如，循环系统中的免疫复合物随着血液循环到达内耳，沉积后引发一系列病理变化。
内耳微循环障碍因素
血管痉挛： 内耳的小血管如果发生痉挛，会导致内耳的血液供应减少，影响内耳的正常代谢和功能。比如，情绪激动、寒冷刺激等因素可能诱发内耳小血管痉挛，使得内耳组织缺血缺氧，进而引发美尼尔综合症相关的症状。血栓形成： 内耳血管内如果形成血栓，会完全阻断血液供应，导致内耳组织坏死，严重影响内耳功能。一些血液高凝状态的人群，更容易出现内耳血管内血栓形成的情况，从而增加美尼尔综合症的发病几率。