美尼尔综合症的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为内耳膜迷路积水是其主要病理基础，而引发膜迷路积水的因素较多。
内淋巴产生和吸收失衡方面
内淋巴产生过多： 有研究发现，部分美尼尔综合症患者可能存在内淋巴囊吸收功能障碍，同时内淋巴囊上皮细胞功能异常时，可能导致内淋巴产生相对过多。比如，内淋巴囊上皮细胞对钠钾离子的转运出现问题，使得内淋巴中钠离子等含量增多，进而吸引更多水分进入，造成内淋巴积水。内淋巴吸收障碍： 内淋巴囊是吸收内淋巴的重要结构，当内淋巴囊的血管纹等结构发生病变时，会影响内淋巴的正常吸收。例如，血管纹的毛细血管通透性改变，使得内淋巴中的蛋白质等物质不能正常被重吸收回血液，导致内淋巴液体积聚，引发膜迷路积水，从而诱发美尼尔综合症。
内耳免疫反应相关
自身免疫因素： 有证据表明，自身免疫反应可能参与美尼尔综合症的发病。比如，体内的免疫系统错误地将内耳组织当作外来异物进行攻击，引发炎症反应。这种炎症反应会影响内耳的正常结构和功能，导致内淋巴的平衡失调。研究发现，部分患者体内存在针对内耳抗原的自身抗体，这些抗体与内耳组织结合后，会激活免疫细胞，释放炎症介质，引起内耳血管扩张、通透性增加，进而导致膜迷路积水。过敏反应： 过敏体质的人更容易发生美尼尔综合症相关的免疫反应。当接触到过敏原，如某些食物、花粉、药物等时，机体的免疫系统被激活，释放组胺等物质，引起内耳毛细血管扩张、通透性增加，内淋巴液分泌增多，吸收减少，最终导致膜迷路积水，引发美尼尔综合症的发作。
内耳微循环障碍方面
血管痉挛： 各种原因可能导致内耳的小血管痉挛，比如情绪激动、寒冷刺激等情况下，内耳的动脉血管会发生痉挛，使得内耳的血液供应减少。内耳组织得不到充足的血液供应，会影响其正常的代谢功能，进而影响内淋巴的产生和吸收平衡。例如，当情绪过度紧张时，交感神经兴奋，会引起内耳血管痉挛，造成内耳缺血缺氧，引发美尼尔综合症的症状。血栓形成： 血液黏稠度增加或者血管内皮损伤等因素可能导致内耳血管内血栓形成，阻塞血管，进一步加重内耳的缺血状况。比如，长期高血压、高血脂的患者，血液黏稠度较高，容易在内耳血管内形成血栓，影响内耳的血液循环，导致内淋巴代谢紊乱，引发膜迷路积水，从而出现美尼尔综合症的相关症状。