巧克力囊肿手术的利弊由手术类型决定，主要有以下三类手术：
一、卵巢巧克力囊肿剥除术
这是一种较为保守的手术。其优点在于能够保留女性的生育能力；然而其缺点是疾病相对容易复发。
二、卵巢巧克力囊肿剥除联合子宫切除术
这属于半根治性手术。其好处是疾病复发几率大幅降低，同时保留了卵巢及其功能，不会影响雌性激素和孕激素的分泌；不足之处在于女性会丧失生育能力。
三、全子宫加双附件切除
这是根治性手术。该手术的优点是术后疾病不会再复发；但其弊端明显，女性不仅丧失了生育能力，还失去了卵巢功能，少数人还会出现更年期的骨质疏松以及较为严重的更年期综合征。
总之，不同类型的巧克力囊肿手术各有利弊，需要根据患者的具体情况进行综合评估和选择。