甲沟炎常用的药物主要有抗生素类药物等，比如夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏等。一般早期症状较轻的甲沟炎，使用这类外用药有一定效果，通常连续使用几天可能会看到症状改善。
外用药膏类
夫西地酸乳膏： 它是一种抗生素类药膏，能抑制细菌的蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。对于细菌感染引起的甲沟炎有较好的疗效，直接涂抹在患处即可，每天使用2 - 3次。莫匹罗星软膏： 也是针对细菌感染的外用抗生素，通过干扰细菌体内蛋白质的合成来杀灭细菌。使用时将药膏薄涂于患处，一日2 - 3次，能帮助减轻甲沟炎部位的红肿、疼痛等症状。
消毒剂类
碘伏： 这是常用的皮肤消毒剂，具有广谱杀菌作用，能有效杀灭常见的细菌、真菌等。可以用碘伏棉球擦拭甲沟炎患处，每天擦拭2 - 3次，能起到清洁和杀菌的效果，防止感染进一步加重。过氧化氢溶液（双氧水）： 它在接触伤口时会分解产生氧气，有清洁伤口、杀菌的作用。使用时用棉球蘸取适量双氧水擦拭甲沟炎部位，不过使用后可能会有轻微刺痛感，一般清理干净伤口后再涂抹其他药物。
中药类外用制剂
如意金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效。可以用醋或蜂蜜调成糊状，敷在甲沟炎患处，能缓解红肿热痛的症状，一般每天敷1 - 2次。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，能消肿、消炎、防腐。将鱼石脂软膏涂抹在甲沟炎部位，能促进炎症的局限化，帮助减轻局部的炎症反应，使用时按照患处面积大小适量涂抹，一日1 - 2次。但如果甲沟炎症状比较严重，出现明显的化脓、剧烈疼痛、发热等情况，单纯用药可能不够，这时候可能需要进行切开引流等手术治疗，不能仅依赖药物治疗了。而且在使用药物时要注意，如果对药物成分过敏则不能使用，使用过程中要观察症状变化，如果用药后症状没有改善甚至加重，应及时就医。