婴儿乳糖不耐受主要表现为消化系统相关症状。一般来说，婴儿乳糖不耐受时，最常见的是腹泻，每天可能会拉数次甚至十数次，大便多为黄色或青绿色稀糊便，或呈蛋花汤样，泡沫多，有奶块。
消化系统方面的症状
腹泻表现：婴儿乳糖不耐受引发的腹泻，大便通常比较稀薄，水分较多。有的婴儿一天腹泻次数能达到5 - 10次不等，而且大便中可能会伴有泡沫。例如，有些婴儿可能上午拉3次，下午拉4次，大便性状明显异常。腹胀情况：婴儿的肚子会看起来比较鼓，有腹胀的现象。这是因为肠道内未被消化的乳糖在肠道细菌作用下发酵产气，导致肠道内气体增多，引起腹胀。有的婴儿会频繁哭闹，可能就是因为腹胀带来的不适。
其他伴随症状
吐奶现象：部分婴儿会出现吐奶的情况。由于乳糖不耐受影响了肠道的消化吸收功能，进而可能影响到胃部的消化，导致奶液不能很好地在胃内停留，从而出现吐奶。有的婴儿可能在吃完奶不久就会吐出少量奶液，严重时可能会吐出较多量的奶。哭闹不安：婴儿因为身体不舒服，会频繁哭闹。比如肚子不舒服、腹胀、腹泻带来的不适等，都会让婴儿难以安静，持续哭闹。这种哭闹和平时因为饥饿等简单原因引起的哭闹不同，可能需要家长仔细观察来判断是否是乳糖不耐受导致的。
不同类型乳糖不耐受的特殊表现
先天性乳糖不耐受：出生后不久就会出现症状，除了上述腹泻、腹胀、吐奶、哭闹等表现外，可能还会生长发育迟缓。因为长期不能正常消化吸收乳糖，影响了营养物质的摄取，所以体重增长可能跟不上正常婴儿的速度。继发性乳糖不耐受：多是由于婴儿肠道感染等原因继发引起的。在有肠道感染等原发疾病的基础上，会出现乳糖不耐受的相关症状，而且可能原发疾病的症状和乳糖不耐受的症状会相互影响，比如肠道感染本身会引起腹泻，而乳糖不耐受又会加重腹泻的程度等。