长期消化不良可通过一般治疗与药物治疗来改善，药物治疗包含抑制胃酸分泌药、促胃肠动力药、助消化药、抗抑郁药等。具体如下：
一、一般治疗
需正确认知和对待病情，若存在所有心理问题应及时进行心理治疗。要构建良好的生活与饮食习惯，规律作息，确保睡眠充足，饮食保持清淡，戒烟限酒，减少使用对胃肠道有刺激的药物，比如非甾体类抗炎药。
二、药物治疗
1.抑制胃酸分泌药
消化不良时常伴有腹痛以及腹部有灼烧感，这往往与胃酸相关。可选择H2受体拮抗剂或质子泵抑制剂。H2受体拮抗剂的代表药物有西咪替丁和雷尼替丁等，质子泵抑制剂的代表药物有奥美拉唑。
2.促胃肠动力药
促胃肠动力药适用于以餐后饱胀、早饱为主要症状的患者，其代表药物有多潘立酮和莫沙必利。
3.助消化药
可以使用消化酶制剂作为治疗消化不良的辅助用药，以改善腹胀和食欲差等症状，其代表药物有复方消化酶和复方阿嗪咪特。
4.抗抑郁药
长期消化不良有可能引发某些抑郁症状，若抑郁状态明显，可运用三环类抗抑郁药如阿米替林，来改善患者的抑郁情绪。
总之，对于长期消化不良，可根据具体情况综合运用一般治疗和多种药物治疗来缓解症状。