胚胎因素
胚胎染色体异常是常见原因，约占50% - 60%，这是由于遗传物质出现问题，导致胚胎发育异常，无法正常形成胎心。
母体因素
- 全身性疾病：孕妇患有严重感染、高热疾病等，会影响胎盘、胎儿的血供，从而影响胚胎发育，导致胎心消失。例如孕妇感染风疹病毒等，可干扰胚胎正常发育。
- 内分泌异常：如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，不能维持胚胎的正常生长，进而可能出现胎心消失情况。甲状腺功能减退等内分泌疾病也会对胚胎发育产生不利影响。
- 免疫功能异常：孕妇自身免疫功能紊乱，产生的抗体可能攻击胚胎，影响胚胎着床及发育，导致胎心消失。
父亲因素
精子染色体异常也可能导致胚胎发育异常，最终出现怀孕三个月胎心消失的情况。
环境因素
孕妇长期接触过多有害化学物质，如苯、甲醛等，或受到过多辐射，都可能影响胚胎发育，导致胎心消失。