扁桃体发炎时，常用的药物有抗生素类和对症治疗药物等。一般来说，细菌感染引起的扁桃体发炎，可选用青霉素类或头孢类抗生素。比如青霉素类的阿莫西林，对多数引起扁桃体发炎的细菌有较好的抗菌作用。
抗生素类药物
青霉素类： 像阿莫西林，它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，对敏感菌导致的扁桃体发炎有疗效。但要注意，对青霉素过敏的人不能用。头孢类： 例如头孢克洛，也是通过干扰细菌细胞壁合成来杀菌，抗菌谱较广，能用于治疗扁桃体发炎，不过同样有过敏禁忌，有头孢类药物过敏史的人禁用。
对症治疗药物
解热镇痛药： 如果扁桃体发炎伴有发热、咽痛等症状，可使用对乙酰氨基酚。它能通过抑制前列腺素合成起到解热镇痛的作用，一般成年人常用剂量下相对安全，但严重肝肾功能不全者要慎用。还有布洛芬，也有解热镇痛效果，能缓解扁桃体发炎带来的不适，不过有消化道溃疡病史的人要谨慎使用。
抗病毒药物
如果是病毒感染引起的扁桃体发炎，一般不需要用抗病毒药物进行特殊治疗，因为多数病毒感染有自限性。但像流感病毒引起的扁桃体发炎，在发病48小时内可考虑使用奥司他韦，它能抑制流感病毒神经氨酸酶活性，阻止病毒释放，从而减轻症状、缩短病程，但也有一些禁忌情况，比如对奥司他韦过敏者禁用。
局部用药
含漱液： 可以使用复方硼砂含漱液，它有消毒防腐的作用，能清洁口腔、减轻扁桃体发炎引起的咽部不适。用的时候要注意按照说明书正确含漱。含片： 比如度米芬含片，能吸附细菌表面的阴离子，改变细菌细胞膜通透性，从而发挥杀菌作用，有助于缓解扁桃体发炎带来的咽痛等症状，但对该药物过敏者不能用。