甲舌囊肿会带来诸多危害，包括吞咽功能障碍、继发感染、发生癌变等。如果未得到及时治疗，会给患者身体造成不良影响，所以建议患者要尽早治疗。具体如下：
一、吞咽功能障碍：
在胚胎早期发育期间，因某种因素致使甲状腺舌骨导管内上皮细胞未退化消失，进而形成囊肿。甲状舌管囊肿会对患者正常的吞咽功能产生影响，同时也可能干扰语言发音。患者可以进行吞咽器官功能训练和保护性吞咽方法训练，(1)比如通过一系列特定动作来增强吞咽相关肌肉的力量和协调性；(2)同时应避免食用一些容易引起吞咽障碍的食物，比如粘性较大或过于干燥的食物等。
二、继发感染：
若患者的甲舌囊肿伴有慢性刺激或其他相关因素，就可能继发感染，会出现局部肿胀、疼痛加剧等情况，甚至部分患者还会有破溃、流脓等表现。患者可以遵医嘱使用阿莫西林、头孢唑林钠等药物进行治疗，饮食上应选择清淡的流质或半流质食物，(1)如米汤、鸡蛋羹等；(2)避免食用辛辣、刺激性食物。
三、发生癌变：
甲舌囊肿是前颈部中线常见的良性肿物，根据其部位可分为舌骨下、舌骨上、舌骨水平几种类型。甲舌囊肿属于一种甲状舌管畸形，从舌根到甲状腺之间残留的甲状舌管可能会出现囊肿、窦道或是瘘。而如果甲舌囊肿没有及时进行治疗，有可能会发生癌变，多数为乳头状癌。患者需要及时进行手术治疗，术后应尽量减少做吞咽动作。
此外，还有可能会导致声音沙哑。因此，建议患者在出现不适症状后，要及时就医诊治，以免延误病情。