灰指甲的治疗方法主要有外用药物治疗、口服药物治疗和手术治疗等。一般来说，外用药物治疗疗程相对较长，可能需要几个月时间；口服药物治疗起效相对快些，但要注意药物的副作用等情况。
外用药物治疗
局部涂抹：可以使用阿莫罗芬搽剂，它能渗透进入甲板发挥作用，每周使用1 - 2次即可。不过使用时要注意，涂抹前需将病甲尽量修薄，这样药物能更好地渗透，但修甲时要避免伤到周围正常皮肤。复方制剂：像环吡酮胺乳膏等复方制剂也可用于灰指甲治疗，使用时要均匀涂抹在病甲及周围皮肤，坚持使用一段时间，一般需要连续使用数月才能看到较好效果。
口服药物治疗
抗真菌药物：常用的有伊曲康唑，它是一种广谱抗真菌药，采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过在服用伊曲康唑前，需要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响。还有特比萘芬，一般连续服用3个月左右，同样服用前也需关注肝功能情况，且孕妇和哺乳期女性禁用。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰指甲可以考虑拔甲，不过拔甲后要注意伤口护理，防止感染，而且新长出来的指甲也有再次被感染的可能。一般拔甲后需要配合外用抗真菌药物，整个恢复过程大概需要几个月，期间要保持伤口清洁干燥。激光治疗：激光治疗灰指甲是利用激光的光热效应破坏真菌。一般需要多次治疗，每次治疗间隔几周，具体次数根据病情而定。激光治疗相对痛苦较小，但费用可能相对较高，而且不是所有患者都适合激光治疗，需要医生评估病情后决定。