灰指甲的治疗方法有多种，常见的包括外用药物治疗、口服药物治疗以及手术治疗等。一般来说，外用药物治疗相对较为保守，而口服药物治疗效果相对更快些，但需要注意药物的适用情况。
外用药物治疗
局部涂抹药膏：可以使用阿莫罗芬搽剂，它能在指甲表面形成药膜，抑制真菌生长。不过使用时要注意，要先将病甲尽量锉薄，这样能让药物更好地渗透，但锉甲时要避免损伤周围皮肤。封包削治：对于比较严重的灰指甲，可先把病甲封包软化后再进行削治，然后再配合外用抗真菌药。但封包时间和削治程度要把握好，以免引起不适。
口服药物治疗
抗真菌口服药：像伊曲康唑胶囊，它是通过抑制真菌细胞的麦角固醇合成来发挥作用的。不过使用伊曲康唑时，要注意用药疗程，一般采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，但具体要根据病情来定，而且用药前需检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响。
手术治疗
病甲拔除：如果灰指甲情况不是特别严重，可考虑病甲拔除。不过术后要注意伤口护理，防止感染，而且拔甲后还需要配合抗真菌治疗，一般需要数月时间新甲才能长出。但手术拔除病甲有一定痛苦，并且新甲长出过程中仍有复发可能。另外，在治疗灰指甲时，患者要注意个人卫生，保持足部或手部干燥清洁，不与他人共用鞋袜、毛巾等物品，避免交叉感染。同时，要坚持治疗，因为灰指甲生长缓慢，新甲长出需要一定时间，一般手指甲需3 - 6个月，脚趾甲则需要6 - 12个月，所以要有耐心，不能半途而废。