甲状腺功能性减退若不及时治疗，会对身体多个系统产生危害。据相关医学研究，甲状腺功能减退可能会使约30% - 50%的患者出现血脂异常的情况。
对代谢系统的影响
基础代谢率降低：甲状腺激素能促进机体的新陈代谢，甲状腺功能减退时，基础代谢率明显下降，患者会感觉怕冷，比正常人更易出现畏寒的症状，活动耐力也会下降。体重变化：由于代谢减慢，能量消耗减少，患者往往会出现体重增加的情况，而且即使控制饮食，体重也较难降低。
对心血管系统的影响
心率减慢：甲状腺激素能维持正常的心率，甲减时心率会逐渐减慢，严重的可能会低于60次/分钟，患者会有胸闷、心悸等不适感觉。血脂异常加重：除了整体代谢方面的影响，甲减还会导致血脂中的低密度脂蛋白胆固醇等升高，增加动脉粥样硬化的风险，进而影响心血管健康。
对消化系统的影响
胃肠蠕动减慢：甲状腺功能减退会使胃肠蠕动速度变慢，患者容易出现便秘的症状，而且可能会伴有食欲减退的情况，长期下去会影响营养物质的吸收。消化功能受影响：胃肠消化液的分泌也会受到一定影响，导致食物的消化过程变缓，患者可能会感觉上腹部胀满不适。
对神经系统的影响
记忆力减退：甲状腺激素对神经系统的发育和功能维持很重要，甲减患者常常会出现记忆力下降的情况，尤其是近期记忆力减退比较明显。情绪改变：患者可能会出现情绪低落、抑郁等表现，因为甲状腺激素水平异常会影响神经递质的平衡，从而干扰情绪调节。