孩子打流脑疫苗后发烧39℃，可能是疫苗原因，也可能是流行性感冒、扁桃体炎等因素导致。以下进行详细说明：
一、疫苗原因：流脑疫苗是预防流行性脑脊髓膜炎的。若孩子对疫苗成分过敏，打完疫苗后可能出现发烧，皮肤还可能有严重瘙痒感。此时需及时就医，可服用如布洛芬混悬液、小儿柴桂退热颗粒等退烧药。
1.布洛芬混悬液：能缓解发热等症状。
2.小儿柴桂退热颗粒：有退热功效。
二、流行性感冒：孩子打完流脑疫苗后抵抗力可能下降，易受病毒感染引发流行性感冒，会有发烧39℃情况，伴有鼻塞、流鼻涕等症状。可在医生指导下使用磷酸奥司他韦颗粒、连花清瘟胶囊、四季抗病毒合剂、蒲地蓝消炎口服液等药物。
1.磷酸奥司他韦颗粒：对流感病毒有抑制作用。
2.连花清瘟胶囊：可缓解相关症状。
3.四季抗病毒合剂：有抗病毒效果。
4.蒲地蓝消炎口服液：能减轻炎症。
三、扁桃体炎：孩子打流脑疫苗后若吃辛辣刺激性食物，可能引发扁桃体炎，会导致发烧、咽喉肿痛等。可在医生指导下服用小儿咽扁颗粒、蓝芩口服液等药物。
1.小儿咽扁颗粒：可缓解扁桃体炎症状。
2.蓝芩口服液：有清热解毒作用。
除以上常见因素外，还可能有支气管炎、肺炎、肺结核等情况。孩子治疗期间应适当多喝水，利于病情好转。总之，孩子打流脑疫苗后发烧39℃要综合判断原因，采取合适的治疗措施。