打乙脑疫苗后发烧39℃的原因通常有疫苗不良反应和疫苗过敏等，以下是具体分析：
一、疫苗不良反应：
1.一般情况：打完乙脑疫苗后多数人不会有明显不适，但因个体体质差异，有些人对乙脑疫苗会产生不良反应，或者近期存在熬夜等情况导致免疫力下降。
2.具体表现：可能在打完乙脑疫苗后出现发烧39℃的现象。
3.应对措施：可遵循医嘱服用退烧药进行治疗，比如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等，通常能缓解症状。
二、疫苗过敏：
1.原因：若个人体质较为敏感，可能对乙脑疫苗中的某些成分过敏，从而刺激机体免疫系统引发变态反应。
2.症状：会有皮疹、发烧、皮肤瘙痒等表现，且发烧可高达39℃。
3.处理方法：此时可多喝温水以促进疫苗在体内的代谢，必要时给予抗过敏药物如氯雷他定片等，也可遵医嘱服用退烧药来缓解。
总之，打乙脑疫苗后出现发烧39℃时，建议及时就医检查，不要盲目自行使用退烧药，以免影响疫苗效果，需根据具体情况进行妥善处理。