传染性软疣主要通过局部治疗来改善，一般可以采用夹除术，这是较为常用的方法，通常在医院由医生操作，很快就能处理。
局部物理治疗
刮除术： 医生会用特制的刮匙将软疣小体完全刮除，操作相对简单，术后局部要保持清洁，避免感染。一般一次操作就能去除明显可见的软疣。冷冻治疗： 利用低温液氮使软疣组织坏死脱落。冷冻后局部可能会出现水疱，要注意保护水疱，让其自然吸收，一般需要1 - 2周左右能看到效果。
药物辅助治疗
斑蝥素： 可以涂在软疣表面，能引起局部炎症反应，促使软疣消退，但使用时要注意避免接触周围正常皮肤，防止刺激正常皮肤。西多福韦： 对于顽固性传染性软疣可能会用到，但一般是在其他方法效果不佳时考虑，使用时需遵循医生的专业指导。
日常护理要点
避免搔抓： 传染性软疣患者要尽量避免搔抓疣体，因为搔抓可能会导致自身接种，使皮疹扩散到身体其他部位，增加治疗难度和皮疹数量。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换衣物，尤其是贴身的内衣裤。洗澡时不要用力搓洗，防止损伤皮肤引起病毒传播。隔离与防护： 在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，不与他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止将病毒传染给他人。