肠胃紊乱时可使用的药物需根据具体症状来选。比如出现消化不良、腹胀等症状，可选用多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般能在一定程度上缓解相关不适。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体阻滞剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下部括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解消化不良、腹胀、嗳气等症状。不过，严重肝功能不全者慎用。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但对胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
抑制胃酸分泌类药物
质子泵抑制剂： 如奥美拉唑，它能特异性地抑制胃壁细胞顶端膜构成的分泌性微管和胞浆内的管状泡上的H+-K+-ATP酶，即质子泵，从而有效地抑制胃酸的分泌。适用于胃酸分泌过多引起的肠胃紊乱相关症状，像胃溃疡、十二指肠溃疡等导致的反酸、烧心等情况。但严重肾功能不全者及婴幼儿禁用。H2受体拮抗剂： 例如雷尼替丁，能竞争性阻断组胺H2受体，抑制组胺、五肽胃泌素、M胆碱受体激动剂所引起的胃酸分泌，降低胃酸和胃酶活性。主要用于缓解胃酸过多所致的胃痛、胃灼热感（烧心）、反酸等，不过孕妇及哺乳期妇女禁用，8岁以下儿童禁用。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌三联活菌胶囊： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌，可直接补充正常生理性细菌，调整肠道菌群，改善肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀等肠胃紊乱症状。不过应冷藏保存，不宜与抗菌药物同时服用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和屎肠球菌，适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等肠胃紊乱问题。服用时需用低于40℃的温水或牛奶冲服，且应避免与抗菌药物同服。