咽喉部囊肿有一定癌变可能，但总体概率较低，大约在1%左右。不过不同类型的咽喉部囊肿癌变风险有所差异。
咽喉部囊肿的类型及癌变风险
潴留囊肿：
潴留囊肿多是由于腺体导管阻塞，分泌物潴留形成。一般来说，单纯的潴留囊肿癌变可能性较小。但如果囊肿长期受到不良刺激，比如经常受到炎症反复刺激，或者局部长期有异物摩擦等情况，也可能增加癌变风险。不过这种情况相对少见。
表皮样囊肿：
表皮样囊肿是由胚胎发育时期的异位上皮细胞发展而来。一般单纯的表皮样囊肿癌变几率也不高，但如果囊肿不断增大，压迫周围组织，或者发生一些异常的细胞变异时，也存在癌变可能。不过总体发生癌变的概率依然较低。
先天性囊肿：
像甲状舌管囊肿等先天性囊肿，多数情况下癌变风险较低，但如果囊肿发生感染、反复发炎，并且持续存在较长时间，也不能完全排除癌变的可能性。不过相对而言，这类囊肿的癌变概率也是比较低的。
咽喉部囊肿的相关注意事项
如果发现咽喉部有囊肿，首先要定期观察。一般建议每隔3 - 6个月进行一次咽喉部的检查，比如喉镜检查等，通过检查来观察囊肿的大小、形态等是否有变化。如果发现囊肿有迅速增大、表面出现异常改变（如溃疡、出血等）、伴有疼痛加剧等情况时，就要高度警惕癌变可能，需要进一步进行活检等检查来明确诊断。同时，日常生活中要注意保持咽喉部的清洁卫生，避免过度用嗓，尽量减少对咽喉部的不良刺激，比如避免长期吸烟、饮酒等，因为这些不良习惯可能会增加咽喉部发生病变的风险。