珍珠疹通常是一种良性病变，其具体原因目前尚未完全明确，但一般认为可能与以下因素有关。目前普遍认为大约有10%左右的男性会出现珍珠疹现象。
局部刺激因素
包皮过长或包茎： 包皮过长会使包皮内皮脂腺的分泌物不能及时清除，积聚成包皮垢，长期的包皮垢刺激可能与珍珠疹的形成有关。比如有研究发现，存在包皮过长情况的男性，珍珠疹的发生率相对较高。个人卫生状况： 不注意局部清洁卫生，局部污垢长期刺激也可能增加珍珠疹出现的几率。如果长时间不清洗阴茎部位，污垢堆积就可能对局部皮肤产生刺激，进而影响到珍珠疹的发生。
生理发育变异
包皮系带旁腺增生： 珍珠疹可能是包皮系带旁腺的生理性增生变异所致。这种生理上的正常变异在一些男性身上就表现为珍珠疹的形态，一般不会对健康造成影响。冠状沟部位的正常解剖结构变异： 冠状沟部位的一些正常组织在发育过程中出现变异，也可能表现为珍珠疹。它是人体局部组织在发育过程中的一种特殊表现，不属于疾病状态。
心理因素影响
焦虑紧张情绪： 长期处于焦虑、紧张等不良心理状态下，可能会对局部的生理状况产生一定影响，虽然目前具体机制尚不十分清晰，但有研究发现心理状态不佳的男性，珍珠疹的出现可能会相对更明显或更容易被察觉。不过这并不是导致珍珠疹的根本原因，而是可能在一定程度上影响对珍珠疹的感知等情况。