哺乳期扁平疣患者的治疗方法并无明确的最佳选择，通常建议在医生指导下进行外用药物治疗或物理治疗，且需暂停哺乳。具体如下：
一、外用药物治疗：
1.维A酸乳膏：可用于扁平疣的治疗，但使用时要严格遵循医嘱，不可随意乱用。
2.氟尿嘧啶软膏：对扁平疣有一定疗效，同样需要遵医嘱使用。
3.咪喹莫特乳膏：能起到治疗扁平疣的作用，用药需谨慎。
4.酞丁安乳膏：可应用于扁平疣的医治，注意正确使用方法。
5.鬼臼毒素软膏：在治疗扁平疣方面有效果，必须按医生指导用药。
6.苯扎溴铵溶液：这也是治疗扁平疣的外用药物之一，要规范使用。
二、物理治疗：
1.冷冻：是有效的治疗手段，对于皮损数目较多的情况，可以分批次进行治疗。
2.电灼：能用于治疗扁平疣，治疗时深度达到真皮浅层即可，以防留下瘢痕。
3.刮除：可作为治疗方法之一，操作时要注意相关要点。
4.激光：同样是有效的治疗方式，要合理掌握治疗分寸。
另外，扁平疣主要通过直接或间接接触传播，人乳头瘤病毒可经由皮肤黏膜微小破损进入上皮细胞内进行复制、增殖。而孩子的免疫功能通常较为低下，所以为了孩子的身体健康，建议在进行扁平疣治疗时暂停哺乳。
总之，哺乳期扁平疣患者要根据具体情况选择合适的治疗方法，并注意相关事项。