宝宝矮小的病因较多，其中遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，宝宝遗传矮小的概率相对较高。据统计，约70%的矮小儿童存在遗传因素影响。
一、内分泌疾病导致
生长激素缺乏症： 垂体分泌生长激素不足会影响宝宝生长。垂体是内分泌系统中调节生长的重要腺体，若垂体因先天发育异常或其他病变，就会使生长激素分泌减少，从而阻碍宝宝身高增长。甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的甲状腺激素对宝宝生长发育至关重要。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致宝宝代谢缓慢，生长速度减慢，出现矮小症状，同时还可能伴有智力发育迟缓等表现。
二、慢性疾病影响
营养不良： 长期营养不良会阻碍宝宝生长。比如宝宝饮食中蛋白质、热量、维生素及矿物质等摄入不足，就无法为身体生长提供充足物质基础。像一些贫困地区或喂养不当的宝宝，容易因营养不良出现身材矮小。慢性肾病： 患有慢性肾病的宝宝，肾脏功能受损会影响体内激素代谢及营养物质的排泄等，进而影响生长。肾脏疾病会导致宝宝体内代谢紊乱，影响生长激素的作用发挥，使得身高增长受限。
三、先天发育异常
染色体异常： 如特纳综合征，这是一种常见的性染色体异常疾病，主要发生在女孩身上。患儿染色体核型异常，会出现身材矮小、第二性征不发育等症状。骨骼发育异常： 先天性骨发育不全等骨骼发育异常疾病也会导致宝宝矮小。例如先天性骨发育不全的宝宝，骨骼结构异常，影响身高正常生长，可能伴有骨骼脆弱易骨折等情况。