神经性消化功能紊乱会出现多种症状表现。一般来说，患者可能会有胃肠道相关的多种不适，比如大约有40% - 60%的患者会出现腹痛，疼痛部位不固定，多为隐痛或胀痛。
胃肠道症状表现
腹痛： 疼痛程度不一，有的较轻，有的可能较为明显，部位不固定，可能在腹部的任何区域，一般没有器质性病变导致的固定痛点。腹胀： 患者会感觉腹部胀满，尤其是在进食后，这种腹胀感可能会持续较长时间，影响食欲。
消化系统其他症状
恶心呕吐： 部分患者会出现恶心，偶尔会伴有呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般没有胆汁或血性物质。食欲不振： 患者对食物的兴趣降低，进食量减少，长期可能会导致体重下降等情况。
全身伴随症状
失眠多梦： 约有30% - 50%的神经性消化功能紊乱患者会出现睡眠问题，表现为入睡困难、多梦易醒等。患者晚上睡眠质量差，白天就会精神不佳，影响日常生活和工作。焦虑抑郁情绪： 相当一部分患者会伴有焦虑或抑郁情绪，大约20% - 30%的患者会有不同程度的焦虑，表现为紧张、不安；抑郁患者可能会情绪低落、对事物缺乏兴趣等。这种情绪问题又会反过来加重消化功能紊乱的症状，形成一个恶性循环。