灰指甲医学上称为甲癣，治疗方法主要有外用药物、口服药物以及手术拔甲等。一般来说，外用药物治疗疗程较长，可能需要几个月，而口服抗真菌药物相对见效快些，但要注意药物的副作用等情况。
外用药物治疗
局部涂抹：常用的有阿莫罗芬搽剂，它可以渗透进入甲板，抑制真菌生长。一般一周使用1 - 2次，连续使用几个月。不过，外用药物对于较严重的灰指甲效果可能不如口服药，而且需要长期坚持涂抹，因为新甲生长需要时间，通常手指甲需要连续用药6个月以上，脚趾甲可能需要9 - 12个月。封包削治：先把病甲进行软化，然后用刀片将病甲削薄，再配合外用抗真菌药物。这种方法能让药物更好地渗透到甲下，但操作需要在正规医疗场所由专业人员进行，自己不要随意操作，以免损伤周围正常组织。
口服药物治疗
常用药物：伊曲康唑是比较常用的口服抗真菌药，它采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用3 - 4个月。还有特比萘芬，一般每天服用一次，连续服用手指甲癣6 - 8周，脚趾甲癣需要3个月左右。口服药物治疗灰指甲效果相对较好，但这类药物需要经过肝脏代谢，所以在用药前需要检查肝功能，有肝脏疾病的患者要谨慎使用，而且服药过程中要定期复查肝功能。
手术拔甲治疗
适用情况：对于单发的灰指甲，病甲情况较严重，其他治疗方法效果不佳时可以考虑手术拔甲。不过手术拔甲创伤相对较大，术后需要一段时间恢复，而且术后也需要配合抗真菌药物治疗，因为甲床可能还残留真菌，术后要注意伤口护理，避免感染。并且手术拔甲后新长出来的指甲有可能再次被感染，所以术后仍要注意个人卫生，保持足部或手部干燥清洁，避免再次接触真菌。