治慢性肠胃炎并没有绝对最好的药，需根据具体病情选择。一般常用的药物有抑酸剂、胃黏膜保护剂等。比如质子泵抑制剂中的奥美拉唑，能抑制胃酸分泌，可缓解因胃酸过多导致的慢性肠胃炎相关症状，其常见的治疗疗程可能需要1~2周左右。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物能强效抑制胃酸分泌，像奥美拉唑，它通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而降低胃酸浓度，减轻胃酸对胃黏膜的刺激，常用于缓解慢性肠胃炎伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，作用持续时间较长，对缓解慢性肠胃炎导致的胃酸相关不适有一定作用，但效果相对质子泵抑制剂稍弱一些。
胃黏膜保护剂类药物
铋剂：像枸橼酸铋钾，它在胃内酸性条件下形成弥散性的保护层覆盖于溃疡面上，阻止胃酸、酶及食物对溃疡的侵袭，同时还能促进胃黏膜前列腺素和黏液的分泌，有利于胃黏膜的修复，对慢性肠胃炎引起的胃黏膜损伤有保护作用。铝碳酸镁：它可以中和胃酸，并且能吸附胃蛋白酶等物质，还能促进胃黏膜前列腺素的合成，迅速缓解慢性肠胃炎带来的胃痛、胃胀等症状，而且服用后起效比较快。
调节肠道菌群类药物
益生菌制剂：比如双歧杆菌四联活菌片，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善慢性肠胃炎导致的肠道功能紊乱，对于肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀等症状有一定的调节作用。一般建议在饭后半小时用温水送服。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：其中的地衣芽孢杆菌能消耗肠道内过多氧气，创造厌氧环境，有利于有益厌氧菌的生长，从而调整肠道菌群失调，对慢性肠胃炎伴有肠道菌群紊乱的情况有帮助。