慢性肠胃炎的用药需根据具体症状来选择，一般可分为抑制胃酸分泌药、胃黏膜保护药、调节肠道菌群药等。例如抑制胃酸分泌药中的质子泵抑制剂，像奥美拉唑等，能有效减少胃酸分泌，缓解因胃酸过多引起的胃部不适，这类药物通常能在一定程度上改善慢性肠胃炎患者的症状，但具体效果因个体差异有所不同。
抑制胃酸分泌药：
质子泵抑制剂：这类药物能强力抑制胃酸分泌，像奥美拉唑，它通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而减轻胃酸对胃黏膜的刺激，常用于缓解慢性肠胃炎患者因胃酸过多导致的胃痛、反酸等症状。不过，孕妇和哺乳期妇女使用时需谨慎，应在医生指导下权衡利弊。H₂受体拮抗剂：比如雷尼替丁，它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，对缓解慢性肠胃炎引起的胃酸相关症状有一定作用，但起效相对质子泵抑制剂可能稍慢一些，老年人使用时可能需要调整剂量。
胃黏膜保护药：
铋剂：像枸橼酸铋钾，它可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，阻挡胃酸、胃蛋白酶等对胃黏膜的侵袭，促进胃黏膜的修复，对于慢性肠胃炎伴有胃黏膜损伤的患者较为适用。不过，服用铋剂后可能会出现舌苔和大便发黑的情况，一般停药后可恢复，不必过于担心。铝碳酸镁：能迅速中和胃酸，并吸附胆汁，保护胃黏膜，它起效较快，服用后能快速缓解胃痛、胃胀等不适症状，而且安全性相对较高，儿童使用时需在医生指导下进行。
调节肠道菌群药：
益生菌类：例如双歧杆菌四联活菌片，它含有多种有益活菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于慢性肠胃炎引起的肠道功能紊乱，如腹泻、腹胀等有一定的调节作用。一般来说，儿童和成人都可以使用，但儿童服用时要注意遵循儿童的用药剂量，用温水送服。地衣芽孢杆菌活菌制剂：它能促进有益厌氧菌生长，抑制有害菌，维持肠道菌群平衡，有助于缓解慢性肠胃炎导致的肠道不适症状，老年人使用时一般耐受性较好，但也需注意按照正确的用法用量服用。