小肚子里隐隐不舒服的原因包括结肠疾病、膀胱疾病、女性生理期、女性盆腔炎等。
一、结肠疾病：
1.结肠炎：发病时会出现小肚子隐隐作痛等症状，主要通过结肠镜和病理学检查来确诊。若是结肠炎引起的，主要是以口服美沙拉嗪等药物对症治疗为主。
2.结肠肿瘤：也会导致小肚子里隐隐不舒服，这种情况应采取手术治疗。
二、膀胱疾病：
1.急性膀胱炎：当出现急性膀胱炎、膀胱肿瘤时会有小肚子里隐隐不舒服的感觉。急性膀胱炎应选用抗生素抗感染治疗，比如左氧氟沙星、莫西沙星等。
2.膀胱肿瘤：需要进行手术治疗。
三、女性生理期：女性在生理期的时候，通常会有小腹部隐痛的症状，而当月经干净后这种症状就会消失。
四、女性盆腔炎：发病时会出现小腹隐痛，应选择敏感的抗生素进行抗感染治疗，包括替硝唑、奥硝唑、头孢类等。
总之，当小肚子出现隐隐不舒服时，可能是由多种原因引起的，需要根据具体情况进行详细的检查和诊断，并采取相应的治疗措施。