深海恐惧症的治疗可以通过多种方式进行，一般来说心理治疗是主要的干预手段。
心理治疗方法
暴露疗法： 这是一种让患者逐渐面对他们恐惧的情境的方法。比如可以先从观看深海的图片开始，然后过渡到观看深海的视频，随着患者适应程度的提高，再逐步接触更真实的深海相关影像，一般建议每周进行2 - 3次这样的暴露训练。系统脱敏疗法： 将患者对深海的恐惧程度划分等级，从最轻微的恐惧情境开始，如想象平静的浅海画面，然后逐步过渡到更接近深海恐惧的情境，同时配合放松训练，让患者在放松状态下面对逐渐提升的恐惧情境刺激。
药物辅助治疗
抗焦虑药物： 对于伴有明显焦虑情绪的深海恐惧症患者，在医生评估后可能会使用一些抗焦虑药物，如苯二氮䓬类药物中的劳拉西泮等，这类药物可以在一定程度上缓解患者的焦虑紧张情绪，但需要在医生的严格指导下使用，因为存在成瘾等风险，且不建议长期大量服用。不过药物治疗通常是作为心理治疗的辅助手段，不能单独依赖药物来治愈深海恐惧症。
自我调节方式
深呼吸放松： 当患者感觉自己面临可能引发深海恐惧的情境时，立即进行深呼吸。具体做法是慢慢地吸气，让空气充满腹部，然后再慢慢地呼气，每次呼吸尽量保持5 - 10秒，连续进行10 - 15次这样的深呼吸，可以帮助缓解紧张情绪。转移注意力： 在可能接触到与深海相关事物之前，可以提前准备一些其他感兴趣的事情来转移注意力。比如听自己喜欢的音乐、想一些愉快的事情等，当注意力被转移后，对深海恐惧的感受可能会减轻。例如在计划去海边等可能接触深海相关场景前，提前听自己喜爱的歌曲，让自己的注意力从可能的深海恐惧上转移开。